Ak sa jedná o gastritídu alebo žalúdočné vredy, ktoré spôsobuje Helicobacter pylori, tak ako doplnková starostlivosť k liečbe antibiotikami, ale aj preventívne, je vhodné podávanie probiotík. Vhodným kmeňom v boji proti H. pylori je Lactobacilus reuteri. Táto probiotická skupina ako jediná produkuje látku reuterin, ktorá má preukázateľné antimikróbne vlastnosti.
Vhodné sú aj kmene Lactobacillus acidophillus LA-5 a Bifidobacterium lactis BB-12. Probiotiká majú pozitívny vplyv na trávenie. Stimulujú tvorbu žalúdočných mucínov (ochranných faktorov žalúdočnej steny) a pomáhajú zvyšovať imunitnú odpoveď v čreve.