Najčastejším príznakom cýst na vaječníkoch je bolesť v pravej alebo ľavej časti podbruška na mieste, kde sa nachádzajú vaječníky. Bolesť môžete cítiť pri cvičení, sexe, ale aj po skončení menštruačného cyklu. Pokiaľ cítite až neznesiteľnú bolesť, potom to môže byť znamením takzvaných ovariálnych torzií. Dochádza pri nich k otočeniu vaječníka a prerušeniu prítoku krvi. Silné bolesti sú vždy signálom, že niečo nie je v poriadku a treba utekať k špecialistovi alebo priamo na pohotovosť.