Proti vírusu kliešťovej encefalitídy nie je k dispozícii žiadny špecifický liek, jeho negatívne pôsobenie na organizmus preto nevieme pri prebiehajúcej infekcii zastaviť.
Jedinou cielenou a spoľahlivou ochranou pred kliešťovou encefalitídou je očkovanie. Očkovať možno deti od jedného roka a vakcinácia nemá hornú vekovú hranicu. Imunitu vám navodia prvé dve dávky vakcíny, ktoré sa aplikujú obvykle v intervale 2 týždňov až 3 mesiacov, podľa stupňa aktivity kliešťov. Ďalšia dávka sa podáva o 5 až 12 mesiacov, následne po 3 rokoch a potom postačuje na udržanie imunity 1 dávka každé 3 až 5 päť rokov podľa veku očkovaného a použitej vakcíny.